1. Dyrektor Centrum Onkologii - Instytutu im. Marii Skłodowskiej-Curie - prof. dr hab. n. med. Krzysztof Warzocha
Dyrektor kieruje i zarządza Instytutem.
Do zakresu podstawowych zadań Dyrektora Instytutu należy w szczególności:
1) ustalanie planów działalności Instytutu,
2) realizowanie polityki kadrowej,
3) zarządzanie mieniem i odpowiadanie na wyniki działalności Instytutu,
4) reprezentowanie Instytutu,
5) prowadzenie współpracy naukowej z zagranicą (z międzynarodowymi placówkami, towarzystwami i organizacjami naukowymi),
podejmowanie decyzji we wszystkich sprawach dotyczących Instytutu, z wyjątkiem należących do zakresu działania Rady Naukowej
Zadania i uprawnienia dyrektora określa ustawa o instytutach badawczych z dnia 30 kwietnia 2010 r.(D.U.96 poz.618)

2. Rada Naukowa

Przewodniczący Rady Naukowej - prof. dr hab. n. med. Kazimierz Roszkowski-Śliż

Rada Naukowa jest organem stanowiącym, inicjującym, opiniodawczym i doradczym Instytutu w zakresie działalności statutowej oraz w sprawach rozwoju kadry naukowej
i badawczo-technicznej. Rada Naukowa jest uprawniona do zajmowania stanowiska
we wszystkich sprawach dotyczących działalności Instytutu.
Zadania Rady Naukowej określa ustawa o instytutach badawczych oraz Statut Centrum Onkologii - Instytutu im. Marii Skłodowskiej-Curie.

3. Dyrektor Centrum Onkologii - Instytutu im. Marii Skłodowskiej-Curie
Oddziału w Krakowie - prof. nadzw. dr hab. n. med. Jerzy Jakubowicz
1. Dyrektor Oddziału kieruje całokształtem działalności Oddziału Instytutu w ramach obowiązujących przepisów, w zakresie ustalonym przez Dyrektora Centrum Onkologii – Instytutu im. Marii Skłodowskiej-Curie.
2. Do kompetencji Dyrektora Oddziału należą sprawy niezastrzeżone przepisami prawa
i statutem dla organów Centrum Onkologii – Instytutu im. Marii Skłodowskiej-Curie.