Początek działalności COOK przypada na rok 1951 kiedy to w budynku dawnej lecznicy związkowej w styczniu 1951r z inicjatywy profesora Franciszka Łukaszczyka, utworzono w Krakowie szpital onkologiczny. 24 marca 1951r. na mocy rozporządzenia Rady Ministrów placówce został nadany status Oddziału Instytutu Onkologii im. Marii Skłodowskiej - Curie w Warszawie. Pierwszym dyrektorem nowo utworzonego oddziału Instytutu Onkologii został dr med. Emil Wyrobek. Początkowo szpital liczył 90 łóżek, ale wkrótce zwiększono tę liczbę do 120. W krakowskim Oddziale Instytutu działała wówczas przychodnia, uruchomiono także oddziały leczenia radem i promieniami Roentgena, oddział chirurgiczny oraz niezbędne pracownie diagnostyczne.
W 1954r. dyrektorem została prof. dr med. Hanna Kołodziejska-Wertheim, która podjęła trud stopniowego przekształcania szpitala onkologicznego w nowoczesny instytut o wyraźnie określonym profilu działalności klinicznej oraz naukowo-badawczej. W strukturze powstającego krakowskiego Oddziału Instytutu Onkologii nie przewidywano zakładów prowadzących badania podstawowe, miała to być z założenia placówka prowadząca badania kliniczne i parakliniczne. Dla realizacji tych zadań konieczne było nie tylko opracowanie i wdrożenie koncepcji organizacyjnej oraz wyszkolenie kadry specjalistów, ale również systematyczne zdobywanie odpowiedniego wyposażenia i wymaganej dla niego bazy lokalowej. Stopniowo Anna Urban zorganizowała pracownię histopatologii nowotworów, Antonina Marczyńska – pracownię analityki i chemii klinicznej, Wisława Szymczyk – pracownię fizyki medycznej, zaś Zygmunt Kopera – pracownię diagnostyki radiologicznej. Stanisław Nowak, Tadeusz Mizia, Wojciech Medvey stworzyli oddział ginekologiczny, Halina Glińska – oddział onkologii ogólnej, Janina Kujawska – pracownię rentgenoterapii, a Jan Oszacki i Maria Leńczyk – oddział chirurgiczny. W połowie lat 60. prof. Hanna Kołodziejska zainicjowała badania z zakresu epidemiologii nowotworów, których prowadzenie przejął później Janusz Pawlęga.
Wyrazem uznania dla rozwijającej się aktywności naukowo-badawczej zespołu pracowników krakowskiego Oddziału Instytutu Onkologii było uzyskanie w 1964r. statusu zakładów przez pracownie oraz statusu klinik przez oddziały. Instytut systematycznie powiększał swoją bazę lokalową. W 1971r. ukończono budowę pawilonu do radioterapii, w którym zainstalowano aparat do telegammaterapii kobaltem 60 i betatron o maksymalnej energii fotonów 18 MeV. Dzięki tym inwestycjom krakowski Oddział Instytutu Onkologii stał się pierwszą w Polsce placówką dysponującą możliwością stosowania radioterapii elektronowej. Równolegle z rozbudową infrastruktury Instytutu wprowadzano nowe jednostki organizacyjne, odpowiadające rosnącym potrzebom nowoczesnej onkologii oraz wymogom systemu ochrony zdrowia. W 1974 r. w miejsce Kliniki Onkologii Ogólnej powołano Klinikę Chemioterapii (kierowaną wówczas przez Marka Pawlickiego) i Klinikę Radioterapii (kierowaną przez Jana Skołyszewskiego). W roku 1978r, w efekcie starań Jana Skołyszewskiego, krakowski Oddział Instytutu Onkologii jako jeden z nielicznych wówczas ośrodków na świecie, wdrożył radioterapię neutronową. Stało się to możliwe dzięki współpracy z Instytutem Fizyki Jądrowej w Krakowie, który dysponował cyklotronem, zaadaptowanym do celów radioterapii. W tym samym roku zostały oddane do użytku nowe budynki o łącznej kubaturze 20 000 m3, w których miejsce znalazły: Klinika Ginekologii Onkologicznej, Oddziały A i B ówczesnej Kliniki Radioterapii oraz Klinika Chemioterapii, a także ambulatoria, dział dokumentacji lekarskiej, pracownia epidemiologii i prosektorium. Dzięki temu liczba łóżek szpitalnych wzrosła do 220, a pacjenci zgłaszający się do Instytutu otrzymali komfortową, jak na owe czasy, przychodnię.
W 1980r. stanowisko dyrektora krakowskiego Oddziału Instytutu objął profesor Jan Skołyszewski. W tym czasie zakończono adaptację, przekazanego Instytutowi w 1975r., sąsiedniego budynku przy ul. Garncarskiej 9. W nowych pomieszczeniach zlokalizowano: część pomieszczeń Kliniki Chirurgii Onkologicznej, Pracownie Radiobiologii i Immunologii, Zakład Fizyki Medycznej, Dział Techniczno-Aparaturowy oraz administrację.
W czerwcu 2001r. na stanowisko Dyrektora Centrum Onkologii – Instytutu im. Marii Skłodowskiej - Curie, Oddział w Krakowie został powołany prof. Marian Reinfuss, długoletni Kierownik Zakładu Radioterapii.
W pierwszych latach XXI wieku Klinika Radioterapii zostaje przekształcona w Klinikę Nowotworów Głowy i Szyi (kierowaną przez prof. Bogdana Glińskiego), Klinikę Nowotworów Jamy Brzusznej (kierowaną początkowo przez doc. Teresę Kowalską, a później przez dr Jerzego Jakubowicza) oraz Klinikę Nowotworów Piersi i Klatki Piersiowej (kierowaną przez prof. Stanisława Korzeniowskiego). Klinika Chemioterapii uległa przekształceniu w Klinikę Nowotworów Układowych i Uogólnionych, którą początkowo kierował dr Janusz Rolski, a później dr Ida Cedrych.
W 2003 r. zakończono, prowadzoną od 1998 r., rozbudowę Zakładu Radioterapii, zapewniając pomieszczenia dla 4 akceleratorów, rozbudowanych systemów planowania leczenia, łącznie z tomografem komputerowym i symulatorem.
W 2005 r. nadbudowano w budynku Przychodni Przyklinicznej dodatkowe piętro. Dzięki temu, stało się możliwe nie tylko otwarcie dalszych poradni, w tym Poradni Urologii Onkologicznej, ale także w istotny sposób poprawił się komfort oczekiwania chorych na porady. W uzyskanych dzięki tej inwestycji pomieszczeniach była ponadto możliwa organizacja, należącego do Kliniki Chirurgii Onkologicznej, nowoczesnego Oddziału Chirurgii Jednego Dnia, a także w nowej części budynku znalazło miejsce Archiwum Dokumentacji Medycznej.
Także w 2005 roku pracę rozpoczął oddział Chemioterapii Dziennej, a od 2006 roku w ramach Zakładu Radioterapii zaczęła działać Pracownia Brachyterapii HDR. W tym samym roku uruchomiono Poradnię Genetyczną. W 2006 roku Centrum Onkologii Oddziału w Krakowie uzyskało certyfikat jakości: PN-EN ISO 9001:2001, PN-EN ISO 14001:2005, PN-N-18001:2004 oraz CODEX ALIMENTARIUS CAC/RCP 1-1969, Rev.4 (2003).
W 2007r. zakończyły się prace adaptacyjne dla nowych pomieszczeń Apteki, ze spełniającym wymagania Unii Europejskiej nowoczesnym działem przygotowywania, w oparciu o metodę grawimetryczną, cytostatyków. Prace adaptacyjne, jak i wyposażenie Apteki, zostały w znacznym stopniu sfinansowane ze środków unijnych. Apteka krakowskiego Oddziału Centrum Onkologii należy do nielicznych w naszym kraju placówek spełniających współczesne wymagania europejskie odnośnie centralnego przygotowania leków dla chorych na nowotwory złośliwe.
W latach 2007-2009 dzięki dotacjom uzyskanym z Ministerstwa Zdrowia wybudowano nowy budynek, w którym znalazły miejsce: Pracownia Medycyny Nuklearnej z Pracownią SPECT/CT, Oddział Chemioterapii Dziennej, a także część pracowni Zakładu Fizyki Medycznej, związana z planowaniem leczenia promieniowaniem jonizującym oraz Sekretariat Naukowy.
W pierwszych miesiącach 2011 r., w Zakładzie Radiologii i Diagnostyki Obrazowej, w zaadaptowanych na ten cel pomieszczeniach, została otwarta nowoczesna Pracownia Rezonansu Magnetycznego.
W połowie roku 2012 dzięki dofinansowaniu uzyskanemu z Ministerstwa Zdrowia w COOK uruchomiona została Centralna Sterylizatornia zajmująca się kompleksowymi działaniami w zakresie dezynfekcji całego sprzętu medycznego i instrumentarium używanego do leczenia i diagnozowania chorych.
Z kolei z początkiem roku 2013 oddano do użytku dla pacjentów Pracownię PET, w której wykonywane jest badanie PET-TK (pozytonowa tomografia emisyjna połączona z tomografią komputerową) stanowiącego innowacyjną metodę diagnostyki obrazowej. Pozwala ona na wykonanie szybkiego, bezbolesnego i bezpiecznego badania ciała pacjenta, umożliwiając wczesną identyfikację zmian nowotworowych, ocenę zaawansowania choroby nowotworowej, precyzyjne planowanie leczenia (np. radioterapii) czy też najszybsze możliwe wykrycie wznowy choroby nowotworowej.
We wrześniu 2013 roku na stanowisko Dyrektora Centrum Onkologii – Instytutu im. Marii Skłodowskiej - Curie, Oddział w Krakowie został powołany prof. nadzw. dr hab. n. med. Jerzy Jakubowicz, wcześniej Zastępca Dyrektora ds. Organizacyjnych.
W chwili obecnej trwają prace związane z przebudową i modernizacją Oddziału Chirurgii, Oddziału Anestezjologii i Intensywnej Terapii i Bloku Operacyjnego, co w znacznym stopniu wpłynie na standard i jakość udzielanych świadczeń zdrowotnych dla Pacjentów COOK.

Opracowano na podstawie:
• Krakowska onkologia i 60-lecie działalności krakowskiego Oddziału Centrum Onkologii – Instytutu im. Marii Skłodowskiej-Curie. Jan Kulpa, Jan Skołyszewski, Wojciech Wysocki. NOWOTWORY Journal of Oncology, 2011; 61 (6): 601–610